咽拭子
1、口咽取样：先用压舌板压住舌头，然后将采样拭子头部伸入咽喉部位擦拭双侧咽扁桃体及咽后壁，轻度用力拭抹咽后壁部位，应避免触及舌部。
2、鼻咽取样：以拭子测量鼻尖到耳垂的距离并用手指做标记，将采样拭子以垂直鼻子(面部)方向插入鼻腔，拭子伸入距离最少应达耳垂部位到鼻尖长度的一半，使拭子在鼻内停留15-30秒，轻轻旋转3-5次，抽出拭子。
从使用方法不难看出，不管是口咽拭子还是鼻咽拭子，采样都是一个技术活，难度高、易污染，采集样品的质量直接关系到后续的检测，如果采集的样本病毒载量低，容易造成假阴性，难以确诊。
目前市场上销售的试剂盒推荐使用的样本多为口咽拭子或鼻咽拭子以及肺泡灌洗液，若使用静脉血液样本特别是专用的核酸检测管收集血液，提取纯化RNA后进行检测，这样可以大大减轻采样人员的工作难度。毕竟采集静脉血液样本的难度不高，而且像检测丙型肝炎RNA一样，5毫升左右EDTA抗凝的血液样本分离血浆，所提取纯化的RNA完全可以满足PCR检测的需要。
市场上广泛使用的病毒采血管保存液主要有两种，一种是以运送培养基为基础改良的病毒维持液，另一种则为核酸提取裂解液改良的保存液。
咽拭子
前者的主要成分是Eagle’s基础培养液(MEM)或Hank’s平衡盐，添加了病毒生存所需的盐类、氨基酸、维生素、葡萄糖以及蛋白质，这种保存液使用酚红钠盐做为指示剂，溶液pH值在6.6-8.0时溶液呈粉红色。保存液中添加了必须的葡萄糖、L-谷氨酰胺和蛋白质，蛋白质的提供形式有胎牛血清或牛血清白蛋白，可以稳定病毒的蛋白质外壳。由于保存液营养成分丰富，有利于病毒的成活但是也有利于细菌的生长，如果保存液中污染了细菌，则会大量繁殖，其代谢产物中的二氧化碳会使保存液pH值下降，从粉红色变为黄色。因而大多数厂家都在配方中添加了抑菌剂成分，推荐使用的抑菌剂为青霉素、链霉素、庆大霉素及多粘菌素B等，不推荐使用叠氮钠、2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮(MCI)和 5-氯-2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮(CMCI)等抑制剂，因为这些组分对PCR反应有影响。由于这种保存液提供的样本基本是活病毒，可以最大程度保持样本的原始性，后续不仅可以用于病毒的核酸提取检测，还能用于病毒的培养和分离。但是用于检测时应该注意的是必须灭活以后再进行核酸提取纯化。深圳市华晨阳科技有限公司
另一种以核酸提取裂解液为基础配制的保存液，主要成分为平衡盐类、EDTA螯合剂、胍盐(如异硫氰酸胍、盐酸胍等)、阴离子表面活性剂(如十二烷基硫酸钠)、阳离子表面活性剂(如十四烷基三甲基草酸铵)、苯酚、8-羟基喹啉、二硫苏糖醇(DTT)、蛋白酶K等几种或多种组分，这种保存液是直接裂解病毒释放核酸，消除核酸分解酶(RNase)，如果仅用于RT-PCR较为合适，但裂解液可以灭活病毒，这种样本不能用于病毒的培养分离。
病毒采血管保存液使用的金属离子螯合剂推荐使用EDTA盐类(如乙二胺四乙酸二钾、乙二胺四乙酸二钠等)，不推荐使用肝素类(如肝素钠、肝素锂)，以免影响PCR检测。