咽拭子
1、口咽取样：先用压舌板压住舌头，然后将采样拭子头部伸入咽喉部位擦拭双侧咽扁桃体及咽后壁，轻度用力拭抹咽后壁部位，应避免触及舌部。
2、鼻咽取样：以拭子测量鼻尖到耳垂的距离并用手指做标记，将采样拭子以垂直鼻子(面部)方向插入鼻腔，拭子伸入距离最少应达耳垂部位到鼻尖长度的一半，使拭子在鼻内停留15-30秒，轻轻旋转3-5次，抽出拭子。
从使用方法不难看出，不管是口咽拭子还是鼻咽拭子，采样都是一个技术活，难度高、易污染，采集样品的质量直接关系到后续的检测，如果采集的样本病毒载量低，容易造成假阴性，难以确诊。
目前市场上销售的试剂盒推荐使用的样本多为口咽拭子或鼻咽拭子以及肺泡灌洗液，若使用静脉血液样本特别是专用的核酸检测管收集血液，提取纯化RNA后进行检测，这样可以大大减轻采样人员的工作难度。毕竟采集静脉血液样本的难度不高，而且像检测丙型肝炎RNA一样，5毫升左右EDTA抗凝的血液样本分离血浆，所提取纯化的RNA完全可以满足PCR检测的需要。
病毒采血管采样拭子直接接触采样部位，其采样头的材质与后续的检测关系密切。病毒采血管采样拭子头应该采用Polyester(PE)合成纤维或Rayon(人造纤维)制成，不能使用海藻酸钙海绵或木棒拭子(包括竹签)，拭子头部的材料也不能为棉花制品，因为棉花的纤维对蛋白质的吸附较强，不易洗脱到后续的保存液中；而含有海藻酸钙和木制成分的木棒或竹签折断后浸泡在保存液中也会吸附蛋白，甚至会对后续的PCR反应有抑制作用。
病毒采样管拭子
制造拭子头的材料推荐使用PE纤维、聚酯纤维、聚丙烯纤维等合成纤维，不推荐棉花等天然纤维，也不推荐尼龙类的纤维，因为尼龙类纤维(类似于牙刷刷头)吸水性不佳，导致采样量不足，影响检出率。采样拭子材料禁用海藻酸钙海绵!拭子柄有折断式、内置式两种。折断式拭子在采样后放入保存管内从靠近采样头部位折断后旋紧管盖即可；内置式拭子在采样后直接将采样拭子放入保存管，将保存管管盖内置的小孔对准手柄顶端旋紧管盖即可。两种方式比较起来，后者相对安全。折断式拭子在配合使用尺寸较小的保存管时，折断时可能会导致管内液体外溅，应充分注意产品使用不当可能造成的污染风险。制造拭子柄的材料推荐使用空心聚苯乙烯(PS)挤出管或聚丙烯(PP)注塑压痕管，无论使用何种材料都不能添加海藻酸钙类助剂;不推荐使用木棒或竹签。总之，病毒采血管采样拭子应保证采样量和释放量，所选材料不能有影响后续检测的物质。